Auch aus Karls aktiver militärischer Zeit werden epileptische Anfälle geschildert - so vor allem aus dem Jahr 1795, dem Jahr, in dem der Erzherzog von seinem kaiserlichen Bruder Franz II. (vorübergehend) demissioniert wurde. Dieser Demission diente zwar das Anfallsleiden Karls als vordergründiger Anlass, in Wirklichkeit hatte es jedoch zwischen den Brüdern Unstimmigkeiten bezüglich militärischer und politischer Ansichten gegeben.

Auch 1799 wird mehrfach von epileptischen Anfällen Karls berichtet; so heißt es z.B. in einem Brief des Hofmedikus Ludwig Wolff:

"Die Gesundheit Seiner Königlichen Hoheit ist leider seit mehreren Monaten nicht die beste. Die sog. Nervenkrämpfe plagen Höchstdieselbe sehr oft.

[...] Da Höchstdieselbe in der vergangenen Nacht einen epileptischen Anfall erlitten, der Sie so abgemattet hat, dass Sie heute den ganzen Tag das Bett nicht verlassen können, so erlaubt mir meine Gewissenspflicht nicht länger zu schweigen."

Und dennoch scheint die Epilepsie Erzherzog Karl in seinen Aktivitäten letztlich nicht allzu sehr eingeschränkt zu haben - immerhin war er es, der 1809 in der Schlacht bei Aspern Napoleon (seinem "epileptischen Leidensgenossen") die erste militärische Niederlage beibrachte und 1813 sein überaus intelligent geschriebenes dreibändiges Werk "Grundsätze der Strategie" veröffentlichte, "eine Kriegslehre, die ebenbürtig neben der späteren von Clausewitz steht".